COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 25.415699 25.415699 26.395117
2020-12-29 17:00:00 24.559100 24.559100 26.243775
2020-12-28 17:00:00 28.939828 28.939828 26.157935
2020-12-27 17:00:00 36.001939 25.415699 25.957066
2020-12-26 17:00:00 30.785350 30.785350 25.658497
2020-12-25 17:00:00 28.538234 28.538234 25.408493
2020-12-24 17:00:00 23.372417 23.372417 25.110266

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 22.528363 22.528363 21.712246
2020-12-29 17:00:00 13.782991 13.782991 21.209033
2020-12-28 17:00:00 13.621262 13.621262 21.011688
2020-12-27 17:00:00 18.939394 18.939394 20.755790
2020-12-26 17:00:00 24.817518 24.817518 20.400370
2020-12-25 17:00:00 27.493917 27.493917 20.210831
2020-12-24 17:00:00 17.825739 17.825739 19.682024

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 20.000000 20.000000 21.074240
2020-12-29 17:00:00 26.459144 26.459144 19.805838
2020-12-28 17:00:00 30.909091 30.909091 19.135544
2020-12-27 17:00:00 23.684211 23.684211 18.684454
2020-12-26 17:00:00 44.642857 44.642857 18.399769
2020-12-25 17:00:00 18.956044 18.956044 17.441034
2020-12-24 17:00:00 20.889488 20.889488 16.540238

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 14.573191 7.805907 10.974486
2020-12-29 17:00:00 6.432518 6.432518 11.187529
2020-12-28 17:00:00 14.560440 14.560440 11.487954
2020-12-27 17:00:00 23.645971 23.645971 11.635446
2020-12-26 17:00:00 16.772824 16.772824 11.653655
2020-12-25 17:00:00 12.703905 12.703905 11.519365
2020-12-24 17:00:00 13.125336 13.125336 11.257263

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 12.246510 12.246510 13.974924
2020-12-29 17:00:00 25.901368 25.901368 14.576612
2020-12-28 17:00:00 22.013218 22.013218 14.093829
2020-12-27 17:00:00 31.827515 31.827515 13.234667
2020-12-26 17:00:00 24.976830 24.976830 12.618588
2020-12-25 17:00:00 8.632047 8.632047 12.366504
2020-12-24 17:00:00 8.492507 8.492507 11.875861

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 28.956981 28.956981 31.332662
2020-12-29 17:00:00 23.311604 23.311604 31.222047
2020-12-28 17:00:00 28.376844 28.376844 31.912553
2020-12-27 17:00:00 68.867418 28.928974 32.430487
2020-12-26 17:00:00 48.954558 48.954558 32.745739
2020-12-25 17:00:00 46.788385 35.063792 33.182307
2020-12-24 17:00:00 29.047210 36.919049 33.506062

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 52.142857 52.142857 33.080952
2020-12-29 17:00:00 31.724582 31.724582 32.454746
2020-12-28 17:00:00 32.465278 32.465278 32.082547
2020-12-27 17:00:00 39.669421 9.350649 32.046717
2020-12-26 17:00:00 36.245955 36.245955 30.288758
2020-12-25 17:00:00 37.897469 37.897469 30.527232
2020-12-24 17:00:00 32.259317 32.259317 30.508995

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 25.994540 25.994540 23.439331
2020-12-29 17:00:00 21.580439 21.580439 23.427809
2020-12-28 17:00:00 21.329212 21.329212 23.407663
2020-12-27 17:00:00 26.391140 26.391140 23.170020
2020-12-26 17:00:00 27.511024 27.511024 22.789306
2020-12-25 17:00:00 24.150243 24.150243 22.497813
2020-12-24 17:00:00 23.283262 23.283262 21.837920

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 21.249360 41.604010 25.872481
2020-12-29 17:00:00 30.168150 30.168150 24.736306
2020-12-28 17:00:00 25.859492 25.859492 23.692060
2020-12-27 17:00:00 24.688279 24.688279 23.451098
2020-12-26 17:00:00 31.192661 3.408521 23.052563
2020-12-25 17:00:00 36.003236 21.925566 22.855573
2020-12-24 17:00:00 29.927007 29.927007 23.304088

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 24.635547 24.635547 24.565728
2020-12-29 17:00:00 21.941697 21.941697 24.087707
2020-12-28 17:00:00 26.164384 26.164384 22.915834
2020-12-27 17:00:00 23.138034 23.138034 22.586752
2020-12-26 17:00:00 26.784523 26.784523 22.189626
2020-12-25 17:00:00 26.942793 26.942793 21.930481
2020-12-24 17:00:00 24.291202 24.291202 21.858525

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 17.483562 17.483562 17.351080
2020-12-29 17:00:00 19.148134 19.148134 16.824892
2020-12-28 17:00:00 27.637131 27.637131 16.578501
2020-12-27 17:00:00 33.456562 33.456562 16.005830
2020-12-26 17:00:00 16.220472 16.220472 15.361074
2020-12-25 17:00:00 11.912288 19.179389 14.787121
2020-12-24 17:00:00 11.382337 11.382337 14.407744

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 6.002729 6.002729 8.571030
2020-12-29 17:00:00 2.723735 2.723735 8.703404
2020-12-28 17:00:00 12.500000 12.500000 9.521546
2020-12-27 17:00:00 2.083333 2.083333 9.649843
2020-12-26 17:00:00 7.887324 7.887324 9.593178
2020-12-25 17:00:00 14.406780 14.406780 9.611444
2020-12-24 17:00:00 10.351035 17.557252 9.527811

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 38.938053 38.938053 30.221692
2020-12-29 17:00:00 51.123596 51.123596 29.583715
2020-12-28 17:00:00 29.850746 29.850746 29.195499
2020-12-27 17:00:00 24.463519 24.463519 29.820215
2020-12-26 17:00:00 -2.774566 5.627198 30.421783
2020-12-25 17:00:00 11.942257 43.540670 31.035482
2020-12-24 17:00:00 25.539568 25.539568 32.352008

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 38.703340 38.703340 44.927331
2020-12-29 17:00:00 36.764706 36.764706 45.348240
2020-12-28 17:00:00 66.000000 66.000000 44.494092
2020-12-27 17:00:00 82.692308 82.692308 44.855682
2020-12-26 17:00:00 33.972603 33.972603 43.573651
2020-12-25 17:00:00 68.750000 68.750000 43.787129
2020-12-24 17:00:00 68.194842 68.194842 42.457509

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 32.996845 32.996845 32.755026
2020-12-29 17:00:00 38.112523 38.112523 31.759641
2020-12-28 17:00:00 23.911383 23.911383 31.292800
2020-12-27 17:00:00 29.690461 29.690461 31.293467
2020-12-26 17:00:00 34.577114 34.577114 30.860290
2020-12-25 17:00:00 39.361224 39.361224 31.087488
2020-12-24 17:00:00 30.036942 30.036942 29.255825

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 30.548628 30.548628 31.227729
2020-12-29 17:00:00 20.593896 20.593896 30.877736
2020-12-28 17:00:00 21.245059 21.245059 31.043872
2020-12-27 17:00:00 14.313472 51.230570 31.253542
2020-12-26 17:00:00 63.477246 63.477246 31.439297
2020-12-25 17:00:00 63.544940 63.544940 31.523025
2020-12-24 17:00:00 35.893648 35.893648 31.219337

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 8.425379 8.425379 8.950427
2020-12-29 17:00:00 5.248869 5.248869 8.903897
2020-12-28 17:00:00 14.233577 14.233577 9.171568
2020-12-27 17:00:00 10.526316 10.526316 9.208157
2020-12-26 17:00:00 8.257757 8.257757 9.358344
2020-12-25 17:00:00 12.390185 12.390185 9.242877
2020-12-24 17:00:00 8.999456 8.999456 9.155462

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 20.460551 20.460551 18.565066
2020-12-29 17:00:00 19.268009 19.268009 18.388400
2020-12-28 17:00:00 17.506060 17.506060 18.215564
2020-12-27 17:00:00 19.802555 19.802555 18.056759
2020-12-26 17:00:00 13.474610 18.285905 18.023461
2020-12-25 17:00:00 17.081851 17.081851 17.772187
2020-12-24 17:00:00 17.741265 17.741265 17.549515

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 13.747759 13.747759 14.226386
2020-12-29 17:00:00 10.399079 10.399079 14.048167
2020-12-28 17:00:00 13.660377 13.660377 14.351576
2020-12-27 17:00:00 14.654616 14.654616 14.251894
2020-12-26 17:00:00 21.213720 21.213720 14.211666
2020-12-25 17:00:00 16.106148 16.106148 14.181480
2020-12-24 17:00:00 15.471283 15.471283 14.207595

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 33.820663 33.820663 21.658616
2020-12-29 17:00:00 16.479017 16.479017 20.225919
2020-12-28 17:00:00 30.877193 30.877193 19.920347
2020-12-27 17:00:00 10.778443 10.778443 19.126073
2020-12-26 17:00:00 11.805556 11.805556 18.894258
2020-12-25 17:00:00 26.697353 26.697353 18.445706
2020-12-24 17:00:00 16.013344 16.013344 18.139516

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 13.084112 13.084112 18.313262
2020-12-29 17:00:00 0.000000 0.000000 18.845177
2020-12-28 17:00:00 89.705882 27.941176 18.647388
2020-12-27 17:00:00 21.600000 21.600000 19.319974
2020-12-26 17:00:00 58.536585 58.536585 19.001177
2020-12-25 17:00:00 33.333333 33.333333 19.203778
2020-12-24 17:00:00 26.717557 26.717557 18.893229

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-30 17:00:00 72.317752 72.317752 69.409615
2020-12-29 17:00:00 69.868421 69.868421 68.816838
2020-12-28 17:00:00 82.674591 82.674591 68.714607
2020-12-27 17:00:00 81.469727 81.469727 69.404144
2020-12-26 17:00:00 45.255605 45.255605 68.530236
2020-12-25 17:00:00 125.281320 83.445861 68.400340
2020-12-24 17:00:00 63.233355 63.233355 68.433711

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 22.528363 22.528363 21.712246
Basilicata 20.000000 20.000000 21.074240
Calabria 14.573191 7.805907 10.974486
Campania 12.246510 12.246510 13.974924
Emilia-Romagna 28.956981 28.956981 31.332662
Friuli Venezia Giulia 52.142857 52.142857 33.080952
Lazio 25.994540 25.994540 23.439331
Liguria 21.249360 41.604010 25.872481
Lombardia 24.635547 24.635547 24.565728
Marche 17.483562 17.483562 17.351080
Molise 6.002729 6.002729 8.571030
P.A. Bolzano 38.938053 38.938053 30.221692
P.A. Trento 38.703340 38.703340 44.927331
Piemonte 32.996845 32.996845 32.755026
Puglia 30.548628 30.548628 31.227729
Sardegna 8.425379 8.425379 8.950427
Sicilia 20.460551 20.460551 18.565066
Toscana 13.747759 13.747759 14.226386
Umbria 33.820663 33.820663 21.658616
Valle d'Aosta 13.084112 13.084112 18.313262
Veneto 72.317752 72.317752 69.409615

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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